Gérer des citations bib(La)tex dans un RMarkdown

Oct 9, 2020 6 min read workshop

Source principale : (https://rmarkdown.rstudio.com/authoring_bibliographies_and_citations.html)

Lister ses références

A l’aide d’un fichier de bibliographie

Pandoc peut générer automatiquement des citations et une bibliographie dans différents styles. Il suffit de préciser le nom du fichier de bibligraphie en utilisant le champs bibliography dans le YAML des métadonnées du document .Rmd.

Par exemple :

---
title: "Sample Document"
output: html_document
bibliography: bibliography.bib
---

Dans le yaml du document .Rmd, ajouter bibliography: nomdufichierbib.extension. Différents formats existent, dont BibLaTeX (.bib) et BibTeX (.bibtex). Le format CSL-JSON (.json) est le format recommandé. Ici nous nous intéressons au format .bib.

Pour les packages R, les références peuvent être récupérés à l’aide de la commande citation. Pour les journaux, livres, il est utile d’utiliser une logiciel de gestions de référence tel que Zotero, Mendeley.

Le package bibtex

La fonction utils::citation permet de récupérer les citations d’un package particulier, ne fonctionne pas pour plusieurs et de récupérer le code tex grâce à la fonction utils::toBibtex.

Permet notamment de générer un fichier bibtex à partir des citations de packages.

Le package bibtex (Francois 2020) permet d’ajouter facilement les références associées aux packages utilisés dans la session dans notre fichier de references.bib.

# citation
x <- citation("utils")
toBibtex(x)
# utilisation du package bibtex
write.bib(names(sessionInfo()$otherPkgs), file='mybiblio', append = TRUE)

Directement dans le YAML

Remarque : une alternative possible est de noter ses références directement dans un champs references du YAML.

---
  references:
  - id: fenner2012a
title: One-click science marketing
author:
  - family: Fenner
given: Martin
container-title: Nature Materials
volume: 11
URL: 'http://dx.doi.org/10.1038/nmat3283'
DOI: 10.1038/nmat3283
issue: 4
publisher: Nature Publishing Group
page: 261-263
type: article-journal
issued:
  year: 2012
month: 3
---

Placement de la bibliographie

Les références sont placées à la fin du document en utilisant un en-tête approprié # References. Il est possible de forcer la position des références en utilisant <div id="refs"></div> si l’on souhaite par exemple placer des annexes après la bibliographie. Même si <div> est une marque html, ça fonctionne aussi avec les .pdf.

# References

<div id="refs"></div>

# Appendix

Citations

Syntaxe

Les citations se font dans le document à l’aide de la syntaxe [@ ref1; ref2]. On peut ajouter des suffixes, numéros de pages etc. si on le souhaite. Bla bla (see Chen et al. 2018; Daudin, Picard, and Robin 2008, 153–55; also Jaakkola 2000, sec. 4.). Bla bla (Daudin, Picard, and Robin 2008, 153–55, 158–59 and @Durand12).

Bla bla [see @GMPR18; @Daudin08, pp. 153-155; also @Jaakkola00, section 4.].
Bla bla [@Daudin08, pp. 153-155, 158-159 and @Durand12].
Bla bla [@Daudin08; @MariadassouMathias12].

L’utilisation du signe - avant le @ supprimera la mention de l’auteur, cela peut être utile quand l’auteur est mentionné au préalable : Mariadassou et Mathias disent bla bla (2012). Si on n’utilise pas les ‘[]’, la référence se fera en ligne sans parenthèse. Mariadassou and Matias (2012) disent bla bla.

Mariadassou et Mathias disent bla bla [-@MariadassouMathias12].
# Alternative 1
[@MariadassouMathias12] disent bla bla.
# Alternative 2
@MariadassouMathias12 disent bla bla.

Le style des citations

Par défaut, pandoc utilise le format Chicago auteur-date. Pour changer le style, il faut ajouter le champs csl.

---
title: "Sample Document"
output: html_document
bibliography: bibliography.bib
link-citations: true
csl: biomed-central.csl
---

Pour créer et modifier des styles CSL (http://citationstyles.org/downloads/primer.html). Un dépôt est disponible : (https://github.com/citation-style-language/styles) ou (http://zotero.org/styles).

Par défaut, les citations sont générées par pandoc-citeproc et fonctionne pour tous les formats de sorties. Pour une sortie LaTex/PDF, il est possible d’utiliser des packages (ex natlib) pour générer les citations.

Pour rendre cliquable les liens hypertextes dans les citations, il faut rajouter link-citations: true dans le yaml.

Le addin citr

Préambule sur les Addins

Les Addins permettent de se faciliter la vie . Ce sont des fonctions R, distribuées sous forme de package ou inclues dans des packages et sont disponibles ensuite dans le menu Addins. Une liste est disponible [ici] (https://github.com/daattali/addinslist).

Des Addins intéressants : remedy pour écrire du markdown, esquisse pour faire des ggplots, colourpicker pour définir ses palettes de couleur. Il y en a d’intégrer dans les packages (par exemple gradethis).

Revenons à nos moutons

L’addin citr (Aust 2019) regarde automatiquement dans le fichier de biblio spécifié dans le YAML. Si aucun fichier n’est précisé, l’addin cherche à trouver un fichier .bib dans les fichiers parents. Les noms attendus pour les fichiers parents sont par exemple c("index.Rmd", "master.Rmd"). Cela peut être personnalisés options(citr.parent_documents = "my_parent.Rmd")).

On peut récupérer des citations avec une date ou un bout de nom, journal, etc…

md_cite("stochastic")
md_cite("2018")
md_cite("computational")
md_cite("Computational")

Et on peut insérer facilement les citations dans son .rmd en cliquant sur l’addins.

Les références non citées

Pour les inclure dans les références

Si l’on souhaite inclure des références de la bibliographie sans les citer dans le corps du texte, il suffit de définir un champs nocite dans le fichier de métadata et les mettre à ce niveau-là.

---
nocite: | 
  @item1, @item2
...

Attention au décalage en début de ligne, peut se voir à la couleur dans votre éditeur.

Rendre ses fichiers de biblio “tidy”

tidy_bib_file() permet de supprimer les entrées non nécessaires ou dupliquées dans le fichier de bibliographie.

citr::tidy_bib_file(
  rmd_file = "my_file.Rmd"
  , messy_bibliography = "mybiblio.bib"
  , file = "tidy_references.bib"
)

La liste des références mentionnées dans le document mais non présentes dans le .Rmd est donnée dans le message d’erreur.

References

Aust, Frederik. 2019. Citr: ’RStudio’ Add-in to Insert Markdown Citations. https://github.com/crsh/citr.

Chen, Li, James Reeve, Lujun Zhang, Shengbing Huang, Xuefeng Wang, and Jun Chen. 2018. “GMPR: A Robust Normalization Method for Zero-Inflated Count Data with Application to Microbiome Sequencing Data.” PeerJ 6 (April): e4600. https://doi.org/10.7717/peerj.4600.

Daudin, Jean-Jacques, Franck Picard, and Stéphane Robin. 2008. “A Mixture Model for Random Graphs.” Statistics and Computing 18 (2): 151–71.

Francois, Romain. 2020. Bibtex: Bibtex Parser. https://CRAN.R-project.org/package=bibtex.

Govaert, Gérard, and Mohammed Nadif. 2005. “An Em Algorithm for the Block Mixture Model.” IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence 27 (4): 643–47.

Jaakkola, T. 2000. “Advanced Mean Field Methods: Theory and Practice.” In. MIT Press.

Mariadassou, Mahendra, and Catherine Matias. 2012. “Convergence of the Groups Posterior Distribution in Latent or Stochastic Block Models.” Hal-00713120.

Neal, Radford M., and Geoffrey E. Hinton. 1999. “Learning in Graphical Models.” In, edited by Michael I. Jordan, 355–68. Cambridge, MA, USA: MIT Press. http://dl.acm.org/citation.cfm?id=308574.308679.

Remarques annexes

Bibtex et Biblatex

Ces deux formats d’export de références bibliographiques fournissent des .bib mais seul Biblatex connaît les pages web. en cas de bibtex, des soucis peuvent apparaitre lors de la mise en forme finale.

Pandoc interprète nativement vos références comme si elles étaient écrites en Biblatex. Si vous les avez exportées en Bibtex, et que vous voulez qu’il les interprète comme telles, il suffit de changer l’extension de votre fichier d’export de .bibtex.

Zotero

Zotero n’offre pas nativement d’interface pour gérer (configurer, nommer, renommer, verrouiller, etc.) les clés de citations. Il est recommandé pour cela d’installer l’extension Better Bibtex de Zotero. https://retorque.re/zotero-better-bibtex/

Information sur la session

sessionInfo()
## R version 4.0.3 (2020-10-10)
## Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
## Running under: Ubuntu 20.04.1 LTS
## 
## Matrix products: default
## BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libblas.so.3
## LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/liblapack.so.3
## 
## locale:
##  [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
##  [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
##  [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
##  [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
##  [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
## [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
## 
## attached base packages:
## [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
## 
## other attached packages:
## [1] bibtex_0.4.2.3 citr_0.3.2    
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
##  [1] Rcpp_1.0.5       bookdown_0.21    later_1.1.0.1    digest_0.6.26   
##  [5] assertthat_0.2.1 mime_0.9         R6_2.4.1         xtable_1.8-4    
##  [9] magrittr_1.5     evaluate_0.14    blogdown_0.21.1  rlang_0.4.8     
## [13] stringi_1.5.3    promises_1.1.1   miniUI_0.1.1.1   rmarkdown_2.5   
## [17] tools_4.0.3      stringr_1.4.0    shiny_1.5.0      fastmap_1.0.1   
## [21] httpuv_1.5.4     xfun_0.18        yaml_2.2.1       compiler_4.0.3  
## [25] htmltools_0.5.0  knitr_1.30
rédacteur

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