Hugo Gangloff nous a concocté une séance sur l’utilisation des auto-encodeurs variationnels pour le traitement de données single-cell RNA-Seq en Python avec PyTorch.
Résumé :
Cet atelier Happy R est divisé en trois parties dédiées aux autoencodeurs variationnels (VAE) (Kingma and Welling 2014) pour le traitement de données scRNA-seq.
Prerequisites R packages : torch, ggplot2, coro, tidyverse Content Automated Differentiation Slides. TP.
Mini-bach Gradient Descent Slides. TP.
Variational AutoEncoder Slides. TP.
Data Training data in .rds Test data in .